据统计，患子宫内膜异位症者有41.5～43.3%的人不孕，占继发性不孕的46.6～47.3 %，其原因并不很清楚。多数人认为，与盆腹腔异位内膜病变造成的粘连引起输卵管功能失常、管腔堵塞有关，从而影响了卵子的收集和运行而致不孕。但也可能与卵巢病变影响正常排卵有关。此外在子宫内膜异位症与不孕症之间还可能存在互为因果的关系。由于婚后久不受孕，体内孕激素水平偏低，失去了对子宫内膜及异位内膜生长的抑制作用，使症状更加严重;又由于异位内膜出血后蛋白质的吸收可导致自身免疫反应增强，引起体内前列腺素分泌增多，从而抑制排卵，或促使黄体溶解，以致不能维持早期妊娠而流产。